根据实验要求制备样品完毕后。即可进行观察。基本步骤如下：
(1)开启仪器电源及光源：一般先开启显微镜和激光器，再启动计算机，然后启动操作软件，设置荧光样品的激发光波长，选择相应的滤光镜组块。以便光电倍增管(photomultipliertube，PMT)检测器能得到足够的信号结果。使用汞灯的注意事项同普通荧光显微镜。
(2)设置相应的扫描方式：在目视模式下.调整所用物镜放大倍数，在荧光显微镜下找到需要检测的细胞。切换到扫描模式，调整双孔针和激光强度参数，即可得到清晰的共聚焦图像。
(3)获取图像：选择合适的图像分辨率，将样品完整扫描后，保存图像结果即可。
(4)关闭仪器：仪器测定样品结束后，先关闭激光器部分，计算机仍可继续进行图像和数据处理。若要退出整个激光扫描共聚焦显微镜系统.则应该在激光器关闭后，待其冷却至少10分钟后再关闭计算机及总开关。
聚焦离子束显微镜的操作注意事项及维护保养：
(1)仪器周围要远离电磁辐射源；
(2)环境无震动，无强烈的空气扰动；
(3)室内具有遮光系统，保证荧光样品不会被外源光漂白；
(4)环境清洁；
(5)控制工作温度在5～25℃。
